Au milieu du 21^ème siècle, le réchauffement climatique a fait de Tōkyō une ville tropicale qu'une nature agressive envahit peu à peu. Les habitants rêvent de pouvoir s'exiler dans les cieux, au sein de la cité d'Atlas à laquelle une faible portion de la population a accès. Afin de faire chuter la température à 5°C, les autorités décident de bâtir une véritable forêt au sein de la ville pour en permettre la résurrection. Mais au sol, les réfugiés tenus à l'écart d'Atlas sont nombreux et une guérilla fait bientôt rage pour tenter de contrecarrer le projet gouvernemental...