Senou Natsuru, un lycéen tout à fait normal se réveille un beau matin transformé en fille, un bracelet au poignet, apprenant de sa peluche Harakiri Tiger qu'il a été choisi pour devenir une Kämpfer contrainte à affronter d'autres Kämpfer armées de pistolets, d'épées ou de pouvoirs magiques.

Commencent alors des rencontres avec d'autres Kämpfer, mais sont-elles toutes ennemies ? Pourquoi se battent-elles ? Voilà les questions auxquelles Senou Natsuru sera confronté.