Nous suivons les aventures de Gon, un jeune garçon qui n'a qu'un seul objectif : devenir Hunter, dans le but de suivre les traces de son père disparu qui en était un également.

Pour cela, il doit passer les nombreux tests de l'Examen pour devenir Hunter. Lors de cet Examen, il rencontrera Kurapika, Léolio et Kirua, qui deviendront ses compagnons et amis.

C'est accompagné de ses trois camarades qu'il avancera dans l'Examen, en recontrant de dangereux ennemis et en découvrant les mystères du monde...