Le personnage principal Maehara Keiichi s'est rendu au village de Hinamizawa. C'est un petit village dont la population est de moins de 2000 habitants. Il devrait être sous l'eau en raison de la construction d'un barrage mais les villageois coopèrent afin d'arrêter le projet.
Au début, Keiichi passe des jours simples en allant à l'école avec ses nouveaux amis. Cependant, sa vie va changer nettement à cause d'un meurtre qui s'est produit en juin. Par la suite, il apprend que des meurtres semblables se sont produits à la même date en juin pendant les 4 derniéres années...
