Ayanagi City, est une ville construite près de la mer du Japon, il y a 10 ans pour trouver une solution au syndrome d'apathie. Shin Kanzato et son petit frère Jun reviennent habiter chez leur grand frère Ryō, qui est le chef de la police d'Ayanagi City.  Au même moment, une série d'étranges incidents surviennent comme la disparition de l'équipage d'un sous-marin de poche,  ou une entité d'apparence hideuse qui sort du corps d'un étudiant. Ryō pourchasse l'organisation qui est derrière tous ces incidents. Se retrouvant impliqué dans cette histoire, Shin en état de légitime défense, réveille sa "Persona" et le combat commence.