Dans le futur, l'Humanité s'est divisée en 2 puissances : L'Union et Deague. Elles se font la guerre bien que plus personne ne sache quand ça a commencé. Les armes de L'Union s'appellent les Strain tandis que ceux de Deague (qui ne sont pas pilotés) s'appellent les Tumor. Sarah Werec est une jeune fille de 16 ans qui a intégré l'académie de Grapella pour devenir une Reasoner(une pilote de Strain). Alors qu'elle avait 11 ans, son frère a été envoyé à 130 années lumières pour accomplir une mission spéciale. Mais même si cela prend 2 ans de temps subjectif pour y aller, cela représente 400 ans de temps objectif. Le but de Sarah est donc de rejoindre son frère si elle veut le revoir. Mais un jour, la planète de Sarah se fait attaquer. Et elle découvre avec suprise que son frère fait partie des attaquants alors qu'il enlève une jeune fille qui était en stase. Elle décide alors de le poursuivre mais son Strain se fait détruire ainsi que son mimic. Or un mimic est absolument nécessaire pour le pilotage des strains.
