Kenran Butoh Sai : The Mars Daybreak, prend place sur une planète Mars recouverte d'eau et jalonnée de plate-forme (véritable ville) sur toute sa surface.
C'est dans ce contexte aqueux que se dévellope l'histoire, à savoir celle d'un jeune homme débrouillard, Grahm, sans emploi, et toujours à la recherche d'argent facile, à cette fin il embarque sur le Vaisseau de l'Aurore : célèbre vaisseau pirate au capitaine aussi fort que téméraire.
Ajoutez à celà une délégation de l'armée terrienne envoyée sur Mars pour stopper le Vaisseau de l'Aurore, comptant parmis ses membres une anciennes amie de Grahm. Deux amis dont les chemins se sont séparés et sont en passe de se croiser à nouveau...
